西式学术体系的哲学、方法论和科学原则，分别是上帝人、笛卡尔分解方法论和原子粒子论，这是其学术基础。在这种基础上衍生出来的学科分类及研究内容，与旧国学的天道系统哲学方法论所衍生出来的学术体系是冲突的，无论在自然科学领域和社会科学领域甚至宗教领域，这种冲突的表现是很明显的。
旧国学中存在不少有价值的内容，特别是通过一些经验性案例所总结出来的规律，但是，由于旧国学中基本不存在数学物理等数理模型和量化支持，这使得靠经验总结出来的那些典籍很少能经得起西式方法的推敲，更兼旧国学之权力权威性、隐喻糊弄性遍布其中，更使得对其研究所需精力的效益比得不偿失，还不如另起炉灶。
近百年来，无数即便有志于研究旧国学的具有水平的学者也无法找到西学模式的研究归纳途径和方法，上述就是其根本原因。
所以，在使用西式体系归纳旧国学时，研究到后来的结局，就是又回到以各类古旧权威“子”“圣”“师”为导向分类的老路上去，这又为牟利学者提供了更多的资财，最终形成了恶性循环。
所以，采用西式体系来分类的话，结局往往只有两种，一是旧国学不具备太大太多的价值，二是看着某些地方似乎有用，却说不出其中的量化和数理之道理。
但是，采用基元学分类法的话，则能较为清晰地理顺其中的关系，因为基元学采用的方法论是兼容西式科学体系的，也即，将事物分解模式的西式体系被纳入到系统论原理中，基元方法论采取的是系统整体视野、系统分解视野、系统关联视野这三种方法，更为关键的是，基元学确立了什么是系统、系统的形成和构建原理，解决了当今科学界最为疑云的“系统”内在规律。
对旧国学来说，比较欣慰的是，西式科学在社会学领域尚未建立起严密的逻辑体系，其原因是西式科学虽然解决了物理数学和原子粒子等自然科学领域的难题，但是在“人”这个动物的研究上，没有真正找到经得起推敲的数理模型和量化依据。同时，西式社会学也没有完成将社会学与宗教神学进行分离的方法和依据。
这些，正是旧国学一息尚存的内在原因，基元学起始于对旧国学的研究、脱胎于新国学的升华，而且，在新国学基元学建立的过程中，仙佛修炼方法对意识思维的产生和肉体感受起到了不少作用，使之获得了很多量元和灵感。