基元学研究的是宇宙的本质规律，是原子、粒子、生命、社会、星球星系和宇宙，是智慧、人和神的关系，是一切事物的起因和基础，是哲学、方法论、系统论及其对本体客体的作用，是数学是物理。

新国学研究的主要是东亚社会（涵盖现今中国社会）的历史发展及其成果，去伪存真、剔除糟粕，并以此为特色和基础，以宇宙规律、哲学和数理系统模型为指导核心（也即以基元学之成果），构建一个指导东亚社会、国家之未来发展的新社会学说，更为地球之人类社会提供一个优良案例。

所以，简单而形象地说，基元学是自然科学哲学之学说，是智慧、人神和宗教之学说，是万物系统之学说，是数学物理之学说，而新国学则是一个具有传统成果性质的综合社会学说，主要是以人及其社会为目标。

之所以新国学仅被定位于社会学说，这是由旧国学之成果所决定的。旧国学最主要最擅长的就是文学艺术宗教医学以及大量的案例经验，因缺乏数学物理和哲学，这些东西从未系统化、量化和数理化，旧国学中近乎没有数学物理，哲学也含糊其辞地若有若无，对社会的研究从头到尾近乎都是围绕着帝王做歌功颂德，对人性的研究也局限于非理性的善恶，等等。