当今人类经历了两个时代，一个是原始社会部落时代，一个是宗教和科学大发展的时代，这两个时代，是人类自我蒙昧阶段，属于人类的初级阶段。

人类第二阶段，进入了自我觉醒的时代：在古代，识字就算是有文化，能识字而且能写出几首像样的诗词，往往就被称作巨人，但是在当代识字普及率很高的情况下，能写出很有水平之诗词的人，很多。

同时，在识字普及率较高、在互联网对知识共享的普及程度较高等情况下，所谓的有文化，已经不再是能记住多少书籍和理论的意思了，而是能够独立思考、能够甄别知识的优劣真伪、能够真正具有自我独立意识了。



人类第二阶段，主要分为人体系统自我觉醒、宗教融合、科学逻辑体系化、社会理性化等四个部分。



人体系统自我觉醒，包含了对肉体欲望、自我意识、灵魂意识、人人关系和人社关系等认知和觉醒。

宗教融合，是能够认识到神的意义、原理、作用和旧宗教理论对社会秩序道德的论述，将各类似教非教、逻辑蒙昧甚至带有愚弄性质的内容予以区分和甄别，形成一个真正关注人类心灵之神灵依托、形成具有科学逻辑之社会秩序的宗教，这就是基元道的本质--融合各类宗教并形成神归神、神谕归神谕、人归人的宗教。

科学体系化，指的是当今科学虽然进展很快、认知较深，但基本还处于一种碎片化、各学科无法有效关联的状态，这恰如在研究人体这个统一系统的时候，将大脑科学、肝脏科学、肢体科学等等都予以割裂式论述一样，没有形成一个有机关联的科学体系，正是由于科学的这种碎片化、杂乱化，才使得那些无神论者、利益集团有了各种藉口去论述其自私利益、去蒙骗人民大众，这不仅使得当今社会处于无序混乱状态，更使得民众无所适从。科学体系化的依据是基元哲学，当今科学是以最小粒子为研究诉求，而基元学是将最小系统作为诉求研究，这将导致不同的结果和应用：在旧科学视野下，经济学社会学政治学等等都是碎片化地杂乱无章、人生过程也是杂乱无章、物理化学生物医学各种最小粒子也是杂乱无章，这一切，已经在基元学中统一起来。



社会理性化的核心在于人类的宗旨，并将自由交换的弊病、自由民主的弊病、集权独裁的弊病等等予以澄清，形成了一个系统体系化的社会理论。过往的国家和社会，其形成都是基于权力斗争、利益争夺、血腥战争等博弈手段而最终定型的，在基元学中，形成了一个以人性本质、宗教、科学和神界的长久理性秩序，以此为基础逐渐理性平静地过渡到长远的人类社会秩序，而这种秩序，恰如万事万物皆为系统之哲学根源，与粒子、星系、人体、宇宙等基元系统是出于同一原理，分形、拓扑、自旋、自相似分裂增长、系统构建形成、速率、相互作用力、自能量、自质量等等，这些基于宏微物体的原理，在社会学中也得到具体应用和体现，也如分形生态企业管理学一样具有强适应性和长久性。